NCISチームと謎の武器商人の最後の対決。一触即発そして致命的な結末で、重大な秘密の衝撃の真実が明らかになる。
殺害された海軍兵曹の検視から、驚くべき事実が判明し、ダッキーとNCISチームは行方不明の子どもを捜索することに。一方では、トニーのジャンヌに対する気持ちがより明らかになってくる。
海兵隊大尉の殺害事件を捜査していたギブスは、事件の目撃者が自分の元妻であることを知り、自身の過去と向き合う。
身元不明の遺体が服役経験のある重罪犯人で、犯罪首謀者と間違いなく結び付いていることをダッキーが突き止める。NCISチームは入り組んだ犯罪の陰謀を暴く。
NCISチームにとって自殺は他殺になりうる。飛び降り自殺を図ろうとしている海軍士官を説得するギブス。一方で、士官と殺害の関係が明らかに。
極秘の海軍調査船で乗組員が謎の死を遂げ、ギブスたちが調査に向かう。そこで彼らは見捨てられた船と、自らも命を落としかねない秘密を発見する。
亡き娘の幼なじみに手を貸すことを承諾したギブスは、昔を思い返し、感傷的になっている自分に気づく。しかし、そんな心を探るような状況が一転、心臓が止まりそうな衝撃的な結末をもたらす。
海軍少将の暗殺事件を捜査していたNCISチームは、夫を捜しているアフリカの政治難民の女性と出会う。
9歳の少年の父親が行方不明になる。父親は殺人未解決事件との関連で指名手配されていた。NCISのメンバーは彼の驚くべき過去について探るため、森林へと入っていく。一時的に少年の面倒も見ることに。
自分がまだイラクにいると思い込んでいる妄想症の暴力的な海兵隊員が海軍病院から逃走した。NCISのメンバーたちは隊員と格闘したあとに、彼が秘密実験の被験者であることを知る。
イスラム教徒の海兵隊員が謎の死を遂げたが、捜査が遅れてしまう。ダッキーが隊員の宗教上の理由から、遺体の検死を拒否したからだ。
窃盗の容疑者を捕らえるために張り込みを始めたNCISは、代わりに殺人を目撃。一方、ダッキーは彼にしては珍しく、隠し事をしていた。
飼い主をかみ殺したとされる犬の無実を証明するために、アビーは自分のキャリアを危険にさらす。一方、ギブスはジェニーの秘密に関心を持つ。
悪名高い武器商人、グルヌイユが殺害された。FBIはNCISチームを殺害容疑で取り調べる。第一容疑者はジェニー・シェパードだ。
バグダッドで起きた迫撃砲攻撃の現場が、殺人の犯行現場と化し、NCISチームのメンバー2人が捜査のために派遣される。
ジヴァは連続殺人犯の潜入捜査を行う。ところが犯人が彼女に疑いを持ったことから、命がけの任務となる。
謎の殺人犯が、彼を唯一特定できる男を狙っていた。ダッキーのアシスタント、ジミー・パーマーだ。
NCISのメンバーが殺された。ギブスは殺人犯を追うスリリングな捜査で、残りのメンバーを率いる。