「NCIS ネイビー犯罪捜査班」

テロリストのアリの手によりケイトを失ったギブスとNCISチーム。悲しみに打ちひしがれる彼らの前に、新しい捜査官ジヴァが現れる。彼女はアリとのつながりが疑われている人物だった。

巧妙な手口でダッキーを誘拐したアリ。ギブスはケイトの死の復讐を遂げようと、アリとの決着へ向かう。一方、ジヴァを尾行していたトニーは、彼女が偽造パスポートを用意していたことを突き止める。

多数の女性を殺害した連続殺人鬼の死刑執行を控えたある日。その殺人鬼は突然、ギブスとの面会を条件に、未だに発見されていない「遺体の隠し場所を教える」と言い出す。

南北戦争時代の墓から保存状態の良い遺体と、当時には決して存在しない携帯電話が見つかった。NCISチームは、遺体が失踪した二等軍曹で、生きたまま埋められ、窒息したことを突き止める。

NCISは、殺された海軍下士官が二重生活を送っていたことを探り当てる。しかし、下士官が死に際につぶやいた言葉がギブスたちを間違った方向へと導いてしまう。

ある伍長の妻が行方不明になったと通報があった。家宅捜索に向かったマクギーは、彼女がネット上で公開された殺害映像を見ていたことに気づく。ギブスたちはサイトの管理者を追跡する。

海軍少佐が、6歳の息子の目の前で姿を消した。息子の証言によれば、2人の男に連れ去られたという。少佐は、国防総省の機密計画に関わっていた人物だと判明する。

死亡した殺し屋の夫妻の荷物から偽造パスポートと航空券が見つかった。ギブスたちは、2人が海兵隊関係者の暗殺を謀っていたと推測。トニーとジヴァが夫妻になりすまし潜入捜査を開始する。

海兵隊基地で、女性の切断された両足が見つかる。数々の物的証拠からトニーが殺人罪で告発されてしまう。NCISは彼の潔白を証明しようとするが、捜査権はFBIに移される。

マクギーは任務遂行中に、機密任務についていた警察官を射殺してしまう。新局長のジェニーは警察が独自の調査を開始することを許可するが、それを知ったギブスは彼女との関係に限界を覚える。

海兵隊基地で、リアリティー番組の撮影をしていたスーパーモデルが殺された。ギブスと彼のチームの面々は、事実をフィクションから切り離す必要に迫られる。

トニーとジヴァは密輸された武器をめぐって、ある造船所を調査していた。しかし、ある日突然、2人は忽然と姿を消してしまう。彼らの行方を追い、ギブスたちは決死の覚悟で捜査を開始する。

核兵器の輸送を担当していた海軍少佐が、「誘拐された」と自ら通報してきた。NCISは、武器の秘密の置き場所が発覚する前に、事件を解決する必要に迫られる。

海兵隊員の妻2人が射殺され、被害者はどちらも韓国出身者だった。ギブスは、ある女性と生まれたばかりの乳児が次の犠牲者になることを恐れ、すばやく捜査を開始する。

NCISは海兵隊員によって営まれる不法な自動車部品の販売店で、冷蔵保存された人間の頭部を発見する。被害者は海軍大佐と判明するが、彼は4か月前に火葬されていた。

ある上等兵の遺体を搬送していた救急車が突然炎上した。NCIS捜査チームは、救急車が計画的に爆破されたことを突き止めるが、犠牲者のDNAがその上等兵と一致しないと知らされる。

国立公園のキャンプ場で、野生の熊に喰いちぎられた下士官の遺体が発見された。検死によると、彼は刺殺されたことが判明し、ある連続殺人犯が容疑者に挙がる。

高校生が体に爆弾をくくりつけ、仲間の生徒たちを人質にとる立てこもり事件が発生。ギブスとNCISチームは、誰か他の人物が学校の外からこの生徒を操っているかもしれないと気がつく。

行方不明の海兵隊員の遺体が凍った湖で発見される。NCISは池から、さらに3人の遺体を見つけ出す。検死の結果、彼らは溺死ではなく、射殺されたことが判明する。

トニーとジヴァが、暗号解読官の遺体を発見。床には銃が落ちており、ギブスたちは自殺と他殺の両面から捜査を開始。暗号解読官の死を知った暗号部の大佐は、部下たちに自宅待機を命じる。

海軍宿泊施設に、切り刻まれた肉片が散乱していた。アビーとマクギーは、現場に残されていたコカインの分析を始めるが、間もなく、毒性の強い青酸ガスが彼女たちに襲いかかる。

麻薬密売人が、ジヴァの管理下で死んだ。訃報を知らない密売人の兄は局長のジェニーを誘拐し、押収したヘロインと弟の釈放を要求する。

爆破事故に巻き込まれたギブスは、病院に搬送され一命は取り留めたものの、昏睡状態に陥ってしまう。主治医は、湾岸戦争時にもギブスを治療したことを思い出す。

昏睡状態から目覚めたギブスは、15年間の記憶を失っていた。一方、ギブス抜きのNCISチームは、あるテロリスト・グループが“9.11”と同規模の爆破計画を進行させていることを嗅ぎつける。