エアフォース・ワンに搭乗中の海軍将校が謎の突然死を遂げる。もしかしたら毒殺で、犯人の真の狙いは大統領なのか…？ NCIS捜査官のギブスたちは、シークレットサービスのケイトやFBIと衝突しながらも、死因の究明に挑むが…。
降下訓練中の海兵隊員がパラシュートの故障で地上に激突して事故死。現場を調べたギブスは予備のパラシュートが使われていないことに不審を抱く。何者かが細工したものとにらみ、整備士や同僚の隊員を尋問したところ…。
海岸に海軍中佐ファレルの死体が打ち上げられ、近隣で麻薬の売人の射殺死体も発見される。マスコミはファレルが麻薬の密売に関わっていたと報道。だが、ギブスは麻薬撲滅運動に熱心だったファレルの潔白を信じて捜査を進めると…。
19歳の一等水兵マクドナルドが正装して腰に重りをつけた水死体で発見される。果たして死因は他殺か自殺か？マクドナルドが所属する駆逐艦に乗り込んだギブスは、彼があるオンラインゲームに熱中していたことを知る…。
メリーランド州の森の中で海軍の古びた貨物ポッドが発見され、中を開けるとミイラ化した男の死骸が。認識標によると男は1994年に失踪したシルズ大尉で、海軍の金庫から120万ドルの現金を盗んだ容疑をかけられていた…。
ギブスのもとに元部下のバーリーから協力要請の電話がくる。バーリーは空母エンタープライズ内で蔓延の疑いがある薬物汚染の捜査をしていたのだ。ところが、薬物反応で陽性が出た兵士ウィルクスが突然の変死を遂げ…。
海軍の基地で、産業廃棄物を入れたドラム缶から腐敗した水兵の死体が発見される。どうやら潜水艦の乗組員らしいが、名簿を調べても行方不明者はゼロ。ニセ者の兵士が紛れ込んでいるとにらんだギブスは自ら潜水艦に乗り込む…。
運転中に死亡したサイード二等兵の胃腸管の中から大量のエメラルドが見つかる。彼の勤務先であるキューバのグアンタナモ基地に飛んだギブスらは、サイードと親交があった現地のNCIS捜査官ポーラに事件のことを隠して接触する…。
海兵隊員キッドウェルの葬儀中に、妻のサラに 「奴らを信じるな」という謎の電話がかかる。驚いたことにサラは電話の主が夫と主張。ギブスはキッドウェルが関与したある極秘任務に事件の謎が隠されていると考えるが…。
生きたまま埋められた女が自力で地中からはい出してきた。ショック状態で記憶喪失にも関わらず、彼女は「軍艦に爆弾がある！」と驚くべき言葉を叫ぶ。女の保護を任されたケイトは彼女が記憶を取り戻せるように励ますが…。
海岸で男の他殺死体が発見される。被害者は新型ソナーの開発に関わっていたイーガン少佐で、捜査を進めると開発メーカーとイーガンの確執が発覚する。だが、何者かがスパイ衛星を操作して殺人現場を覗いていたことが判明し…。
ゴミ捨て場から切断された男の右脚が発見される。手術で埋め込んだ人工関節のシリアル番号から、被害者はドーン一等兵と判明。ところが、記録によるとドーンは2年前に死んでいるのに、見つかった脚は死後24時間以内のものだった…。
海兵隊の事務所で新兵の勧誘担当のアルヴァレス軍曹が射殺される。ギブスたちは怨恨の線から犯人を探るが、数日後、別の事務所の勧誘員も射殺されてしまう。そこでギブスは、自ら囮になって犯人をおびき出そうとワナを仕掛ける…。
海軍少佐のジュリアスが全裸で後ろ手に縛られた射殺死体で発見される。しかも、同じ手口による第2、第3の殺人も発生。捜査の結果、3人目の被害者の妻ローラが容疑者として浮上するが、彼女には完璧なアリバイがあった…。
イラクでフセインの金を輸送中の海兵隊将校が行方不明になり、偽名で帰国していたことが判明。金を持ち逃げした容疑者のライアン大佐はギブスの元上司だった。ライアンの無実を信じるギブスは彼から“陰謀”の存在を聞き出し…。
イスラエル大使館の要請で検死をすることになったダッキー。だが、死体袋の中の男は生きており、銃でダッキーを脅して検死室に篭城する。一方、異常な事態に気づいたギブスは人質救出チームに出動を求めるが…。
ナイトクラブの天井裏からゴードン一等兵曹の死体が発見される。奇妙なことに死体には死後、服を着せられた形跡があった。ゴードンの部屋を調べたトニーは4万ドルの現金を発見。事件にはゴードンの4人の同僚が関与しているようだが…。
妻を殺害した元特殊部隊隊員のカーティンが脱獄。ケイトは彼の幼い息子ケヴィンの警護を任されるが、突然現れたカーティンに拘束された上に銃を奪われてしまう。やがて逃亡を続けるカーティンの意外な目的が判明し…。
NCISの捜査官パッチが腹を切り裂かれた無残な死体で発見される。数日前、忙しさから彼の相談を断っていたギブスは強い罪悪感にさいなまれる。やがて、パッチが3年前の未解決事件を調べていて、それが殺害の原因とわかり…。
海兵隊員が次々と姿を消す不可解な出来事が発生。その中のひとり、アトラス一等軍曹が核爆弾製造の知識を持つ爆弾処理班だったことから、NCISに捜査が託される。アトラスは自分も何者かに狙われていると怯えていたというが…。
クワンティエコ基地で兵器の管理責任者だったグリム三等軍曹が無残な死体となって発見される。グリムが秘かに武器を横流ししていたと踏んだギブスは、トニーに客を装わせて密売組織への潜入捜査を命じるが…。
ロープで断崖を降下する訓練中に、特殊部隊のジョンソン大尉が転落死する。直接の原因は用具の破損だが、ギブスは事故ではなく何者かの細工による殺人事件と推定。やがて、事件の裏に隠された意外な真相が明らかになる…。
かつてNCIS本部に篭城し、まんまと逃げ失せたテロリストの逮捕に執念を燃やすギブス。しかし、いっこうに敵の正体はつかめず苛立ちだけが募っていく。そのころ、再び動き始めたテロ組織にケイトが捕まってしまい…。
