モリーは宇宙で13ヶ月間にも及ぶ単独ミッションの後、家族のもとに無事生還するが、妊娠していることが発覚する。一方、夫のジョンは人間性を持つアンドロイドの試作品開発に成功し、自分たちの息子イーサンとする。彼の研究に大富豪ヤスモトが融資を申し出るが、本当の狙いはアンドロイドではなく、モリーだった……。
阻止したかに思われたエイリアンの地球侵入が本格化。事態を重く見た人類は唯一の対抗手段としてアンドロイドを増産する。だがアンドロイドも人間に反旗を翻し始め……。エイリアンとアンドロイドの両方に深く関わるモリー(ハル・ベリー)は、JD(ジェフリー・ディーン・モーガン)の助けを得て壮大な陰謀に立ち向かう。