15世紀末のローマ。聖職売買などのコンクラーベを経て新ローマ教皇の座に就いたアレクサンデル6世。阻むものを殺人などの卑劣な手段を駆使し、一族で手にした富と権力を拡大。そして複数の愛人や近親相姦など、一族は壮絶なスキャンダルにまみれてゆく……。
第1話
ふたつの顔The Borgia Bullスキャンダラスな幕開けを迎えるセカンド･シーズン。教皇アレクサンデル６世は新たな愛人を手に入れる。ルクレツィアは生まれたばかりの赤ん坊の世話をし、チェーザレとホアンは兄弟間のライバル心をあらわにする。
第2話
罪深き関係Paolo赤ん坊の父親である馬丁のパオロがルクレツィアに会いにローマを訪れる。だが歓迎しない者もいた。一方、教皇は二人の愛人と共に、ローマの街へ繰り出し、貧困の現状を知る。
第3話
美しき策略The Beautiful Deception教皇とルクレツィアがパオロの埋葬をめぐって意見を対立させるなか、フランス軍が再びローマに進軍してくる。その頃、デッラ・ローヴェレはひそかにローマに戻り、新たな策略をめぐらしていた。
第4話
闇夜の奇襲Stray Dogs教皇はある重要な決定を下す。それは、チェーザレと共に、残忍なフランス軍を迎え撃つべく、軍を引き連れて戦地へ赴くため、ヴァチカンの権限をルクレツィアに預けるというものだった。
第5話
選択のときThe Choiceチェーザレがスフォルツァ家に忠誠を誓うよう迫り、スフォルツァ家は忠誠心を試される。一方、変装をしてでかけた教皇は、反逆的な修道士の動向を探る。そんなとき、サン・ピエトロ大聖堂に雷が落ち…。
第6話
悔悛Days of Ashes落雷を神の怒りの印と確信した教皇は、悔悛し質素な食生活を送る。それと同時に、新たな同盟を結ぶべく、嫌がるルクレツィアを無理やり嫁がせようとする。
第7話
フォルリ包囲The Siege at Forliホアンがスペイン兵を引き連れて戻り、スフォルツァ家の城を包囲する。チェーザレとマキャヴェリは“虚栄のかがり火”を目撃する。また、ルクレツィアは父に背いて…。
第8話
真実と嘘Truth and Liesホアンは自ら犯した背信行為によって追い込まれていく。自らの意のままにことを進めるべく、策略をめぐらすルクレツィア。そして、デッラ・ローヴェレは、刺客を送り込んでいた。
第9話
火の試練World of Wondersついに家族関係が危機的な状況を迎えてしまう。教皇がルクレツィアの赤ん坊の洗礼を行うことを決め、ホアンはその子の命を脅かす。そしてチェーザレは冷酷な決断を下すことになる。
第10話
告解The Confession次々と危険な告解がなされる。チェーザレはサヴォナローラの名声を葬り去ろうと決意し、一方ルクレツィアは衝撃的な決断を下す。そして、教皇は瀕死の状態に陥るのだった。
