15世紀末のローマ。聖職売買などのコンクラーベを経て新ローマ教皇の座に就いたアレクサンデル6世。阻むものを殺人などの卑劣な手段を駆使し、一族で手にした富と権力を拡大。そして複数の愛人や近親相姦など、一族は壮絶なスキャンダルにまみれてゆく……。
第1話
教皇誕生The Poisoned Chalice1492年、教皇インノケンティウス8世が崩御した後、狡猾なロドリーゴ・ボルジアは、従順な息子チェーザレの助けを借り、脅しや買収によって教皇の座を勝ち取る。そんなボルジア家の腐敗は、イタリアの特権階級に危機感を覚えさせ、ロドリーゴの仲間デッラ・ローヴェレ枢機卿とオルシーニ枢機卿を不倶戴天の敵に変えてしまう。そして、晩餐会の夜、衝撃的で陰惨な暗殺計画が…。
第2話
暗殺者The Assassin教皇アレクサンデル6世となったロドリーゴは、自らの権力を使い、今は亡き政敵の邸宅を愛人のジュリアに与える。一方、宿敵デッラ・ローヴェレは、教皇の姦淫の罪を暴こうともくろんでいた。父の姦淫の証人を消すよう暗殺者のミケロットに命じる長男チェーザレ。その頃、ロドリーゴの美しき娘ルクレツィアは、父に相手にされなくなった母ヴァノッツァへの忠誠と父の美しい愛人への忠誠の板挟みになっていた。
第3話
異教徒The Moor教皇選挙で散財し、資金を必要としていたロドリーゴは、金さえ払えばスペインによる異端審問の手が及ばない安住の地として、追放されたユダヤ人にローマを開放する。さらに、自らの権力基盤を固めるべく、外国の王子を来賓としてヴァチカンに迎え入れたり、ルクレツィアを政略結婚させることで、政治同盟を築き上げていく。
第4話
政略結婚Lucrezia’s Wedding次男ホアンはルクレツィアの結婚の祝いに下品な喜劇を準備する。その後、新郎ジョヴァンニ・スフォルツァ卿が虐待的な性的サディストであることに気づいてしまうルクレツィア。この政略結婚は不吉の相を呈していた。一方、チェーザレは密偵を放ち、デッラ・ローヴェレの後を追わせていた。フィレンツェにたどりついたデッラ・ローヴェレは、多大な影響力を持つ大富豪メディチ家とお抱えの悪名高い大使マキャヴェリと同盟を組もうとしていた。
第5話
報復The Borgias in Loveルクレツィアは、ハンサムな馬丁パオロと愛を育むことによって冷え切った暴力的な結婚生活から逃避する。パオロはルクレツィアを救おうとジョヴァンニへの報復を企む。一方、チェーザレは、メディチ家を激しく批判している修道士サヴォナローラを火あぶりにすることと引き替えにデッラ・ローヴェレとの協力関係を破棄するようマキャヴェリにもちかけていた。次々と敵に攻勢を仕掛けていくチェーザレ。次第に自らも殺人に手を染めることに…。
第6話
不貞の愛The French Kingフランスへ到着したデッラ・ローヴェレは、国王に魅力的な申し出をする。イタリアを占領し、アレクサンデル６世を廃位させ、自分の教皇即位を保証してくれれば、国王のナポリ支配を支持するというのだ。すでにロドリーゴが末息子ホフレと官能的なナポリ王女サンチャ（ゲスト出演：エマニュエル・シュリーキー）を結婚させ、同盟を結んでいたが、実用主義の職業軍人であるフランス国王シャルルは提案を受け入れる。
第7話
蒼(あお)ざめた馬Death on a Pale Horse武力ではるかに勝るフランス軍はイタリアへ侵攻し、瞬く間にルッカの街を撃滅させてしまう。イタリアの特権階級は猛攻一つで総崩れするだろうというフランス国王シャルルの思惑どおり、イタリア諸国は敵軍から逃げ惑うばかり。ミラノとジョヴァンニ・スフォルツァも浮き足立つ。フィレンツェが侵攻するフランス軍の領内通行を平穏に認めた今、フランス軍のローマ侵攻を阻むものはなくなった。
第8話
駆け引きThe Art of War身ごもったルクレツィアは、ジュリアと共にジョヴァンニの邸宅から馬に乗って逃げ出すが、フランス軍に捕らえられてしまう。その頃、落ち込みを隠せないアレクサンデル６世はヴァチカンでホアン率いる数少ない教皇軍に、はかない望みを託していた。しかし、フランス国王シャルルの心を捉えていたルクレツィアが、絶望的に不利な状況に置かれている教皇軍の撤退をホアンに認めさせ、フランス軍をローマに迎え入れる。運命を待ち受ける教皇は…。
第9話
審判“Nessuno (Nobody)”ロマーニャの同盟軍、友人、さらには自らの教皇軍にまで見捨てられたアレクサンデル６世は、サン・ピエトロ大聖堂でフランス国王シャルルと一対一の対面に臨む。教皇は質素な修道士の装束をまとっていた。教皇の敬虔さに心を動かされたフランス国王シャルルは、ヴァチカンとローマには手をつけずに立ち去ることにし、真の標的であるナポリに向かって南進を続ける。危機をすり抜けたボルジア家は、新たな同盟の構築と裏切り者への迅速な報復を胸に破滅の一歩手前から復活を遂げる。
