NCISのニューオーリンズ支局はミシシッピー川からテキサス州北部までを管轄とし、日夜海軍や海兵隊の将兵が関わる事件を扱っている。主任のドウェインは、自らスカウトしたラサール、その相棒のブロディ、そして新たに加わった元ATF(アルコール・タバコ・火器及び爆発物取締局)エージェント、ソーニャとともに、検視官のロレッタや科学捜査分析官のセバスチャン、さらにコンピューターのスペシャリストであるパットンら優秀なスタッフの協力を得ながら、アットホームな雰囲気の中に厳しさを持つ支局を率い、様々な難事件を解決していく。
ある日、装甲輸送演習中の車両が渡る橋が爆破されて川に落下し、搭載されていたミサイルが盗まれる事件が起きる。容疑者を追いつめることに成功したプライドたちだったが、拳銃自殺されてしまう。プライドは、ミサイルの在り処を突き止めるために、とある組織に潜入、そこで思わぬものを発見する……。
