甚大な被害をもたらす生物兵器が行方不明になり、マクガイバーとジャック・ダルトンはコンビを組んで大惨事を防ぐために動く。

武器商人を調べている最中にジャックのＣＩＡ時代のパートナー（そして元恋人）が行方不明になり、チームは彼女を救出すべく、ベネズエラに飛ぶ。

さし迫ったテロリストの襲撃に関する、重要な情報を握っている男が撃たれた。マクガイバーは、運転免許証と手指の消毒剤だけで彼の命をつながねばならない。

新たな冷戦を阻止するため、マクガイバーは、ダクトテープとワイヤーだけでソ連時代の核弾頭を無力化せねばならない。

暴走列車に閉じ込められたマクガイバー。ひじ掛け、パイプ、それとポケットナイフしかない状態で、すさまじく加速する列車を、終着駅に着く前に減速せねばならない。

国連の近くに仕掛けられた爆弾がきっかけで、マクガイバーは彼の恩師を殺した冷酷非情な犯罪者を追跡することになる。

マクガイバーは重警備刑務所に潜入し、所内で最も危険な犯罪者を脱獄させることになる。悪名高い麻薬組織のボス、エル・ノチェだ。

マクガイバーは、手持ちのコルク抜きとペーパータオルだけを武器に、恐るべき暗殺者と戦うはめになる。

ラトビアのアメリカ大使館が過激派に襲撃される。マクガイバーは、のみと紙マッチだけを使って職員を守らねばならない。

マクガイバーの故郷の町で、ある天才児が行方不明になった。マクガイバーは、この天才児を発見し救出すべく、懸命に奔走する。

ライリーが国家安全保障局（ＮＳＡ）にハッキングしていたことが発覚。チームはライリーが当局に捕まる前に、彼女がこの罪を犯した真の動機を見つけようと急ぐ。

フェニックス財団に関する機密情報を内部の人間が漏らしている。マクガイバーは、虫よけスプレーとドライバーしかない状態で、手遅れになる前に二重スパイを見つけねばならない。

カザフスタンで、マクガイバーとジャックの乗ったヘリが撃墜された。危険な戦争犯罪人の仲間が、２人をつけ狙う。

殺人の罪を他人になすりつけた、汚職連邦捜査官。マクガイバーは、無実の人間が終身刑になる前に、真犯人の正体を暴かねばならない。

マティが名づけ親となった女性の殺人事件の捜査中に、マクガイバーとチームは、恐ろしい結論に引き寄せられる。ゾディアック・キラーが復活したのではないか。

マクガイバーは、フックと車のケーブルだけを使って、悪名高い賞金稼ぎの一家に監禁された危険な逃亡者を引きずり出さねばならない。

ボーザーがフェニックス財団での初任務に就くが、マクガイバーとチームが爆破事件の犯人に疑われ、追われる身となる。

「HAWAII FIVE-0」とのクロスオーバー・エピソード。マクガイバーはチン、コノと協力して、地震後にビルに閉じ込められた科学者の一団の救出に当たる。

マクガイバーのＭＩＴ時代の旧友が、命を狙われるほどの科学的大発見をした。マクガイバーは彼女を守る。

マードックに向けたメッセージを傍受したマクガイバーは、この冷酷非情な暗殺者になりすまして、指定された標的を救おうとする。

マードックが極悪非道な報復計画を実行に移し、フェニックス財団のエージェント全員が危険にさらされる。

マクガイバーはジャックと共に父親を探す旅をしていた。そんな中、マードックが刑務所から脱出したと知り、キューバへと向かうが…。

敵の軍用機で危機に直面するマクガイバーたち。ライリーが銃を使って敵に警告するが、体が固まって動かない。ある事件で負ったトラウマが、いまだ癒えていなかった。

サマンサが大物戦犯を尋問し、あるテロ集団が大量破壊兵器で大規模テロを引き起こそうとしていることが発覚。マクガイバーたちはテロを未然に防ぐべく、奮闘する。

マクガイバーが殺し屋マードックに拉致された。ジャックたちは彼の捜索にあたるが、悪戦苦闘。ジャックはマクガイバーが自力で脱出することに望みをかける。

副大統領の息子がリーダーを務めるCIAの戦術部隊が、犯罪者を移送する最中乗っていた航空機が墜落し、行方不明に。事を公にできないCIAは、フェニックス財団に捜索依頼を出す。

内戦寸前のナイジェリアで油井が爆破された。消火活動のため飛行場へ向かっていたマクガイバーたちは、突如武装した謎の集団に囲まれてしまう。

エクアドルで民主主義を守るため大統領選に臨むヘクター。選挙を阻もうとするザラテ大佐から命を狙われ、さらに彼は重い心臓の病を抱えていた。マクガイバーは彼を救うべく、隣国コロンビアで待つ医師のもとへ。

マクガイバーたちは闇の美術商エンゾ・ルメールを拘束することに。ルメールは盗品で得た利益をテロ集団に渡していた。マクガイバーはある美術品を使って彼をおびき出す作戦を企てる。

米軍が処分予定だったVXガス1缶が行方不明に。ガスが放たれれば被害は甚大だ。マクガイバーたちは被害を出さないため、ガス缶が隠された現場へと向かう。

北極海で大学の調査船が座礁。船の発電機は壊れ、このままでは乗員の命が危ない。マクガイバーは司令室から船内の乗員に指示を出し、その場で間に合わせのものを作らせ一緒に問題を解決していく。

クリスマスを共に過ごすため、マクガイバーの自宅に集まるメンバーたち。なぜかマティは浮かない顔で、マクガイバーは任務への出動を予測するが、何とマクガイバーに殺人容疑がかかっていた。

マクガイバーとジャックの出会いは数年前にさかのぼる。当時は２人とも陸軍に所属し、中東に派遣されていた。最初はいがみあっていたが、一緒に仕事をこなしていくにつれて、互いに一目置くようになるが…。

無人装甲車のトップを競う大会に出場していたマクガイバーたち。様々な機関が大会に参加する中、CIAの開発した装甲車が突如暴走し、制御不能となってしまう。

デューク・ジャコビーなる男が再びニューオーリンズに現れ、それを聞いたジャックは凍りつく。デュークはCIA時代にジャックが使用していた偽名の1つだった。

楽しい夜を過ごしていたマクガイバーたちの元に、殺し屋ヘンリー・フレッチャーが現れる。彼はマードックの身柄を引き渡す代わりに、自分を罪に問うなと驚きの提案をする。

長年追っていた戦犯ポリス・ミトロヴィッチ逮捕のため、彼の次男オマールが滞在するリゾート地へ向かうマクガイバーたち。オマールと接触し、心を許した段階で父親の居場所を聞き出す作戦だ。

とある資料から行方不明の父親のことでマティに嘘をつかれていたことが判明し、頭を悩ませるマクガイバー。そんな中、CIAの元から逃走したマフィアの手下を確保するため、彼らはウクライナへと向かう。

長年追っていたエミール・ベックがアトランタに潜伏していることが判明。彼が雇ったと思われる犯罪者の自宅を張り込むと、そこで賞金稼ぎのコルトン・ファミリーと遭遇する。

ニューオーリンズの事件以来、協力者としてCIAで働いていたドーンが、助けを求めジャックの元に現れる。彼女を信用出来ないマクガイバーだったが、ジャックは一同を説得し、行動に出る。

以前奪われたEMP発生装置が売りに出されると発覚し、一同は韓国へ。前回、銃の引き金を引けず犯人を取り逃がしたライリーは、挽回するチャンスが巡ってきたとやる気をみなぎらせる。

数ヶ月前、プエルトリコが大型ハリケーンに襲われた。被災した島の住人は復興に苦しんでおり、マクガイバーの陸軍時代の仲間カルロスもその１人だった。マクガイバーは休暇を利用し、彼を助けに向かう。

ネバダ上空を飛行していた謎の球体が墜落し、軍によって回収された。科学者が分析にあたるが一向に謎が解けず、技術顧問としてマクガイバーとライリーが派遣されることに。

マティと自分の父親に接点があった確証を掴んだマクガイバー。彼女に知らないフリをした訳を問いただすが、はっきりと答えようとしない。信用できない人とは仕事は出来ないとマクガイバーは辞職を宣言するが…？

財団を辞め、ナイジェリアで新たな生活を送っていたマクガイバー。しかし突如現れたジェームズからジャックの命が危ないと聞かされ、財団に戻ることに。

ジャックは、外国でテロリストの汚名を着せられたデルタフォース時代の仲間を救出するため、マクガイバーと共に残りのデルタチームメンバーを呼び寄せ、奇抜な救出作戦を仕掛ける。

マクガイバーはライリー、ボーザー、リアーナと共に大学のキャンパスに潜入することに。生徒を勧誘し、世界中でテロを行う闇の司令塔をあぶり出すためだ。

とある小児病院の液体酸素が尽きかける。子供たちの命を救うため、マクガイバーとライリーは現地へと向かい、息子が病院にいるヴァシルという男と協力し、任務を遂行する事になるが…。

麻薬カルテルのボスを捕まえようとしていたジェームズが、怪我を負ってしまう。マクガイバーとジャックはジェームズを助けるため、メキシコへと向かう。

マードックは、マクガイバーの恋人ナシャを人質に取り、誘拐された息子カシアンの救出に協力するようマクガイバーを脅す。

マティはマクガイバーたちをガーナへ送り、凶暴な有力者が営む電子ゴミ廃棄場から大事なファイルが入ったハードディスクを回収させる任務を与える。

マクガイバーはイギリスの秘密情報部所属の女性から爆弾魔「ゴースト」の居場所を掴んだと話を持ち掛けられ、ゴースト確保のため危険な作戦に乗り出す。

疾病対策センターに保管されていた、致死率の高いウイルスのチューブが何者かに盗まれる。マクガイバーたちは犯人がパンデミックを起こす前にウイルスを回収しようと躍起になる。

マティはチームのメンバーに自分には夫がいて、Sカンパニーという犯罪組織に8年間も潜入している、と衝撃的な告白をする。

ラスベガスで週末を過ごそうと車を走らせるマックとジャックだが、何者かに拉致されてしまう。気がつくと２人はコンクリートの部屋に閉じ込められていた。

マクガイバーたちは、昼は２児の母、夜は大泥棒と2つの顔を持つ女性と共に、彼女のクライアントである悪名高い盗品商を捕まえることになる。

ライリーとボーザーにサバイバル術を指導することになったマクガイバー。子供の頃によく行っていた大自然へと案内するが、何者かに襲撃を受けてしまう。

マティは国際犯罪組織のボスから魅惑的な取引を持ち掛けられる。娘の花嫁姿を見せてもらえるなら、捕まっても良いというのだ。そしてこれがジャックの最後のミッションだった。

衝撃的な形でフェニックス財団に現れた、新たな仲間デジィ。彼女とマクガイバーたちは、ある武器密輸団を解体させるため、優秀な警察犬と共に捜査に乗り出すが…。

マクガイバーが設計した地形計測装置のテスト飛行中、システム障害で飛行機が墜落。操縦士の遺体回収をフェニックス財団が引き受けることになる。

国際種子貯蔵庫の職員が行方不明に。貯蔵庫は警備も厳重で、施錠もされていた。マクガイバーたちはこの密室の謎を解き明かすため、現地へと向かう。

死んだはずのニコラス・ヘルマンが再び現れて殺人を犯す。フェニックス財団は彼を捕らえるため、弟子のマードックに協力を仰ぐ羽目に。

マクガイバーとデジィはボスニアでの任務中、陥没穴に落ちたシリア難民のグループを助けることに。一方ロスでは、爆弾の仕掛けられた車にボーザーが閉じ込められてしまう。

世界の危険な地域で度胸試しをする「危険チャレンジ」に参加した米国人カップルが行方不明に。2人を無事に連れ戻すため、マクガイバーたちはバックパッカーに扮し南米へ。

犯罪組織Ｓカンパニーに拉致された妻子を救出するため、元夫のイーサンに協力を求められたマティ。彼女は２人を救うために反逆罪を犯すべきなのか葛藤する。

マクガイバーの前に新たな強敵が現れる。大事な友人の命を救うか、それとも大勢の命を救うか…、敵は用意周到な計画でマクガイバーに苦渋の選択を迫る。

元ＭＩ６のラス・テイラーが、元フェニックス財団のマクガイバーたちをスカウトする。謎の組織が生物兵器でロスを狙っており、力を貸してくれと言うのだ。

ラスと旧知のアコスタ将軍に、ある軍研究所から極秘プロジェクトを盗み出すよう依頼される。セキュリティ上の問題点を見つけるためだというが…。

マクガイバーたちは、飛行中にパイロットが心臓発作に見舞われた飛行機に乗り込み、その心臓発作が故意に引き起こされたことを突き止める。

ドイツでビル崩壊事故が発生。生存者を救出すべく作業を急いでいたマクガイバーは、第２次世界大戦時の不発弾を瓦礫の下から発見する。

闇の組織コーデックスが行っている八百長の黒幕を見つけ出して資金源を断つため、デジィはおとりとしてサッカーチームに潜入し、組織と手を組んでいる選手を突き止める。

ラスの元恋人エミリアが、かつてラスと敵対していた反乱軍に誘拐された。彼女を救うため、チームを率いてラスはヨーロッパのある小さな貧しい町に向かう。

マクガイバーとデジィは、ライリーと新恋人オーブリーとのダブルデート中、レストランの奥で殺人を目撃。さっそく犯人探しに乗り出すが…。

連邦政府ビルで爆弾が爆発。マクガイバーとジェームズは、メイソンが犯人で爆発は自分たちへのメッセージだと考え、メイソンの隠れ家へと向かうが…。

ロスで大規模停電が発生。街の送電網がランサムウェア攻撃で人質に取られる事態に。なんと使われたコードは、ライリーが数年前に制作したものだった。

ジェームズの暗号を解読し空き家だった民家を調べると、そこは偉大な発明家ニコラ・テスラの家だと判明。マクガイバーは隠し部屋で超兵器の設計図を発見するが…。

マクガイバーは偽の刑務所でコーデックスの工作員である“商人”の同房となり、彼を信用させて、コーデックスの次の計画の情報を引き出そうとする。

マクガイバーのおばグウェンは家族の話をし、コーデックスに加わるよう彼を説得する。しかし加わればフェニックス財団には永久に戻れなくなる。

マクガイバーとライリーはコーデックスに潜入。組織を内部から止めようとしてのことだったが、途中でラスとデジィに出くわし、銃を向けられて…。