■第1話 終わりの始まり（PILOT） 隣州のデンバーで起きた謎の核爆発により、カンザス州の小さな街ジェリコは外界から閉ざされた。通信も電気も遮断された街は恐怖に包まれ、精神的に追い詰められた住民たちはパニックに陥る。そんな折、久々にジェリコに帰省していた市長の息子ジェイク･グリーンは、事故に遭ったスクールバスに遭遇。子供たちを救うべく奮闘する。 ■第2話 死の灰（FALLOUT） デンバーからジェリコに死の灰が飛んでくる。住民たちが被爆しないよう、ジェイクは彼らを地下の核シェルターに避難させようとするが…

■第3話 騎士たち（FOUR HORSEMEN） 衛星放送用のアンテナが外国のニュース映像を受信した。テレビに映ったアメリカ地図を見る限り、国内の多数の都市がデンバー同様、核攻撃を受けていた。 ■第4話 デンバーから来た男（WALLS OF JERICHO） 街で見知らぬ被爆者が保護された。病院の燃料が尽きかける中、ジェイクは瀕死の彼を救うべきかどうかの決断を迫られる。

■第5話 政府からのメッセージ（FEDERAL RESPONSE） 国土安全保障省の次官補を名乗る男から、ジェリコの住民たちに電話やテレビを通じてメッセージが届くが… ■第6話 過去の影（9:02） 電磁パルスの影響で電子機器はすべて使用できなくなり、街は暗闇に飲み込まれてしまう。

■第7話 父と子（LONG LIVE THE MAYOR） ハロウィーンの前日、グレイ･アンダーソンがジェリコに戻ってきた。街の外ですさまじい恐怖を体験した彼は、すっかり別人のようになっていた。 ■第8話 危険な旅（ROGUE RIVER） ジョンストンが病に倒れた。ジェイクとエリックは薬を手に入れるため、危険を冒してローグリバーの街へと向かう。

■第9話 略奪者（CROSSROADS） レイブンウッドの傭兵がエリックのあとを追い、ジェリコを襲撃する。住民たちは街を守るため、究極の防衛手段を選ぼうとする。 ■第10話 天からの恵み（RED FLAG） 上空の飛行機から食料や医薬品が街に投下された。住民たちにとっては待望の救援物資だったが、どこの国からの援助かを巡り、さまざまな憶測が飛び交う。

■第11話 愛の哀しみ（VOX POPULI） ジェリコで殺人事件が発生した。選挙で市長の座を狙うグレイは、自らのリーダーシップを市民にアピールするため、熱心に捜査を行う。 ■第12話 爆発 36時間前（THE DAY BEFORE） 核爆発前日のジェイクとホーキンスを描いたエピソード。謎に包まれた２人の過去が、今はじめて明かされる。

■第13話 ブラックジャック（BLACK JACK） ジェイクとジョンストンは、同行を主張するヘザーとデイルを伴って、街から数時間の距離にあるブラックジャック交易所を訪れる。 ■第14話 冬の試練（HEART OF WINTER） 食料を得るために狩りに出たジェイクとスタンリー、ミミの車に、謎のトラックが激突。ジェイクは横転した車の下敷きとなり、スタンリーも意識不明になってしまう。

■第15話 常に忠実に（SEMPER FIDELIS） 合衆国海兵隊がジェリコを訪れ、アメリカが戦争に勝ったという知らせをもたらし、街の救援を約束する。しかしジェイクとジョンストンは、彼らの言動にある疑問を抱く。 ■第16話 命の選択（WINTER’S END） エイプリルが急な陣痛に見舞われ、ケンチーは緊急手術を余儀なくされる。設備が整わない病院での手術におびえるケンチーは彼女を救えるのか？ 一方、ジミーはホーキンスから、サラの所在を聞き出そうとする。

■第17話 マッドワールド（ONE MAN’S TERRORIST） 難民を追い出そうとする街の方針にロジャーが猛烈に反発、最後にはグレイを人質にして市役所に立てこもる。ジェイクはグレイを解放するよう説得を試みるが… ■第18話 身分証の謎（A.K.A.） ホーキンスがテロリストではないかと疑うジェイクは、彼に銃を突きつけて正体を問いただす。 一方、ゲイルとジョンストンは、家族の死に折り合いをつけようとしていた。

■第19話 裏切りの陰謀（CASUS BELLI） ニューバーンに行っていたスタンリーたちが帰ってくるが、そこにエリックの姿はなかった。不審に思って隣街に乗り込んだジェイクとホーキンスは、危険な計画の存在を 知る。 ■第20話 兄弟の誓い（ONE IF BY LAND） 武装したニューバーンの男たちが塩を求めてジェリコの採塩場を包囲していたところ、住民たちとの間で発砲騒ぎとなり数名が負傷。２つの街の間の緊張は一気に高まる。

■第21話 侵略の狼煙（COALITION OF THE WILLING） ニューバーンの住民が、迫撃砲でジェリコの街を爆撃し始めた。ダーシーと再会したホーキンスは、２人で力を合わせてジェリコのために戦おうと決意する。 ■第22話 戦う理由（WHY WE FIGHT） 武力では圧倒的にニューバーンに劣るジェリコだが、ついに隣街との戦争に踏み切る。しかし激しい戦闘のさなか、ジョンストンが銃弾に倒れてしまう。

■第23話 再建（RECONSTRUCTION）
シャイアン新政府は、ジェリコとニューバーンの街の再建に着手した。コンスタンティーノの処刑を望むジェイクに、ベック少佐は“復讐は許さない”と警告し、逆に、街の治安を守る保安官になってほしいと頼む。一方、エリックは警備隊の仲間とともに、ジョンストンの敵を討とうとする。

■第24話 新国家（CONDOR）
シャイアン政府への疑念が高まる中、大統領がジェリコを訪れようとしていた。ホーキンスとチャベスは、取り返しのつかない事態になる前に新政府の動きを止めようと画策するが…

■第25話 法を超えた存在（JENNINGS & RALL）
ハドソン川感染症のワクチンが街に到着したが、ジェリコの新たな指揮官ゲッツは、汚染されているという口実ですべて没収。ジェイクはワクチンを取り戻そうと奮闘する。一方、ミミとスタンリーは街の外を見てきたいと言うボニーを応援する。

■第26話 正義の代償（OVERSIGHT）
謎の男ジョン･スミスからの電話により、ホーキンスは自分がベックに捕まる直前であることを知る。一方、ミミはＪ＆Ｒ社で資金の横領があったという証拠を見つけるが…

■第27話 闇の中で…（TERMINATION FOR CAUSE）
ゲッツにとって致命的な証拠を握るミミは、レイブンウッドに命を狙われる。重傷を負って療養中のミミを守るため、ジェイクと警備隊は病院内にバリケードを築き、ゲッツたちを迎え撃つ。

■第28話 恐るべき計画（SEDITION）
殺人を犯した住民を突き出させるため、ベックはジェイクの身柄を拘束して尋問し、ジェリコにも戒厳令を敷く。その頃、テキサスにいるチャベスの元へ核爆弾を届けようとしていたホーキンスは、ジョン･スミスの妨害を受ける。

■第29話 革命（PATRIOTS AND TYRANTS）
ジョン･スミスと核爆弾を奪い合った結果、ホーキンスは重傷を負ってしまう。そんな状態でありながら、彼は残った力を振り絞り、ジェイクとともにテキサスに核爆弾を届けようとする。 一方、ジェリコの街でエリックは、ベックの軍隊と戦うためにコンスタンティーノと手を組むことを考える。そんな中、ベックの心には、ヘザーとの対話を通して新政府への疑念が芽生えるのだった。