ナイジェリアの大統領が暗殺され、CIAに関与の疑いが掛かる。副長官代理となったライアンは承認審査の席で前長官の残した疑いを払しょくすると約束する。謎の人物の元で秘密作戦を実行してきた諜報員のシャベスは、“プルート”という作戦の存在をライアンに明かす。ライアンは副長官の座をグリーアに譲り、シャベス、ノーベンバーとともに情報を求めてクロアチアへ向かう。彼らが追っている陰謀は化学兵器による大規模なテロで、ミャンマーのギャング組織である銀蓮会とも繋がりがあることが分かり、ライアン、シャベス、ノーベンバー、そして組織から離脱を図るチャオ・ファはミャンマーのカジノに隠された兵器の起動装置「トリガー」を破壊するが、それだけではテロは止められない。一刻も早く兵器の送り先を突き止めなければならない中、ライアンは何者かに捕らえられ拷問される。一方、アメリカではグリーアが陰謀に関わる重要人物を探し出して取り調べるが、兵器の行き先については口を割ろうとしない・・・。